微生态评价系统的推出，使生殖道感染性疾病的治疗，由原来发现致病菌、杀灭致病菌，向关注微生态诊疗提出个性化治疗方案的观念转变，在生殖道感染性疾病检查领域具有里程碑式的意义。其检测方法可分两个方面：
1、形态学检查：主要检查上皮细胞、菌丝、孢子、滴虫、支原体样小体、衣原体样小体、线索细胞等；
2、检查干化学分析，主要指标是阴道pH值，其为阴道生态平衡最直接指标；过氧化氢浓度检查，是生态优势菌指标；白细胞酯酶检查，其为反应宿主的指标；唾液酸苷酶活性检查，则反应致病菌指标。
以上两个方面指标检查完后，即可通过软件综合评价进行Nugent评分和AV评分，达到了解微生态、认识病原体和损伤物的目的。
