间质瘤严重程度跟发病部位关系不大。间质瘤可以发生于胃任何部位，可以在贲门部、在胃底、胃体、以及在幽门部发生。而间质瘤的严重程度主要取决于发生的早晚。这里面有一些指标，如肿瘤的大小、核分裂象；在病理学上可分为低危、中危和高危。
低危往往通过手术切除以后，并不需要进一步的治疗；但是中危和高危的间质瘤切除以后，往往需要病人长期服用伊马替尼等靶向药物，防止术后的复发。
所以患者朋友应尽量做到早诊断、早发现、早治疗。如果有较小的间质瘤，能够在内镜下切除，因此不需要开刀手术；如果存在一些较大的间质瘤，也能够通过手术切除。