下丘脑损伤会影响下丘脑-垂体轴，导致内分泌紊乱，影响肾上腺、甲状腺和性腺功能，也会影响生长激素、水平衡，以及产乳激素。下丘脑损伤后可能会出现中枢性的肾上腺皮质功能不全，还会出现中枢性肾上腺的甲状腺功能不全，对性激素水平造成影响，可能会出现下丘脑导致的闭经。对于女性，同时也会引起水的代谢问题，比如会出现中枢性的尿崩、高泌乳素血症等情况，这些都是下丘脑损伤后可能会出现的问题。

下丘脑其实是内分泌中枢，与垂体通过激素释放，对内分泌的系统进行精确调节，因此下丘脑损伤后对肾上腺、甲状腺、性腺功能，以及产乳激素、生长激素、水代谢都会有较大影响。