隐睾症具有遗传性。临床上很多儿童因为隐睾住院进行手术，追问病史发现患儿的爸爸、爷爷均有隐睾。隐睾症遗传变异的原因目前尚不明确，一般认为是多基因、多因素作用的结果。

如果爸爸有隐睾，儿子有2%-3%的可能性会出现隐睾，如果哥哥有隐睾，弟弟有7.5%的可能性会出现隐睾，双胞胎则概率在10%以上。尤其同卵双生，概率可以达到27%-30%。