做肠镜检查可以完整地观察到大肠的解剖结构，包括直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠以及回盲部，在回盲部还可以观察到阑尾的开口，从回盲瓣可以进入到小肠的末端，即回肠的末端。大肠位于横结肠的两侧，即结肠的肝区跟脾区，通过系膜相对固定，横结肠及乙状结肠相对比较游离。再往后是升结肠，然后是回盲部，回盲部与末端的小肠以及阑尾相连。
由于肠镜检查可以帮助完整地观察到肠道的各个部分，观察到整个的肠黏膜是否存在问题，所以大肠的病变，尤其是黏膜的病变，可以完整地在肠镜直视下观察到。对于局限在黏膜层或黏膜下层浅层的早期肿瘤，也可以在内镜下进行切除。
