肝结石的发病原因与胆道反复感染、营养不良以及寄生虫有关，而肝内胆管结石以胆色素结石为主。胆囊结石以胆固醇结石为主，与营养过剩、血脂水平增高有关。肝结石常见原因如下：
1、反复感染：在肝内胆管反复感染基础上形成结石；
2、营养不良：多数患者来自于农村，营养、膳食结构属于低蛋白血症表现，通常在进行手术后会要求患者多进食动物蛋白，以改善营养不良症状，降低结石发病率；
3、遗传：通常在胆道结石中，尤其肝内胆管结石属于较难治愈的疾病且容易复发，在某种程度上该疾病与遗传有关。通常治疗时会打开胆道进行探查，术后可能还需要进行多次胆道镜取石。
