射精后腰痛最常见于慢性前列腺炎，病人发生慢性前列腺炎时，由于感染性致病菌，刺激前列腺部尿道黏膜，会出现黏膜红肿、糜烂，导致前列腺腺体炎性肿大。
还会导致致病微生物，通过射精管开口引起精液感染，导致精液内大量致病微生物繁殖，引起输精管走行区不适症状。病人还会在射精后，精液进入后尿道后，大量致病菌刺激后尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂，出现局部疼痛症状。
病人出现射精后疼痛症状时，需及时到泌尿外科或男科就医，通过精液细菌培养，精液支原体、衣原体培养，通常能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素和中成药物联合治疗，如磷霉素氨丁三醇散，配合热淋清颗粒治疗，多数病人射精后疼痛症状明显好转。
射精后疼痛症状，还可以口服盐酸米诺环素，配合八正胶囊治疗，多数病人在口服上述药物治疗后，射精后疼痛症状会明显好转。
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