当根尖出现瘘管时，治疗方式首选必须进行的根管治疗。因为根尖的瘘管多数属于牙源性，较少来源于软组织。
由于牙源性的根尖炎症而导致根尖瘘管的发生，通常是由于牙齿患有根尖周炎，由浅龋、中龋、深龋逐渐变为牙髓炎，炎症进入根尖而引起根尖周炎。炎症逐渐突破牙槽骨，突出到牙龈上，就会表现为根尖的瘘管。
通过了解上述病理过程，可以明确根管治疗的必要性。通过根管治疗，患者可以将牙齿内部的牙髓腔以及根尖炎症进行彻底清理清除，将深部的炎症清除掉后，根尖瘘管就会逐渐愈合。
对于同时患有根尖囊肿或根尖肿瘤的患者，可在根管治疗结束后进行根尖的手术，以将根尖瘘管进行较好的治疗。
