婚检阴茎短小的标准，通常是指阴茎的外观正常，但长度小于正常阴茎平均长度2.5个标准差以上。阴茎的长度，各种族、各年龄，以及各国差异都非常大。以我国成年男性来说，阴茎在静息状态下平均长度是5-6cm，勃起以后的长度是11-13cm。如果阴茎在静息状态下长度＜4cm，牵拉长度＜7cm，或者是有效勃起长度＜9.5cm，而外观正常，及长度和直径比例基本正常，通常这种状态下认为是阴茎短小。
但是临床上，很多自认为阴茎短小的人，其实是测量的方法不准确。正常的测量方法应该是用直尺紧紧抵住耻骨联合，然后尽量将阴茎拉直，测量从耻骨联合到阴茎前端的全部长度，这叫做阴茎的牵拉长度。如果有比较肥胖的患者，或者是有蹼状阴茎、隐匿阴茎，应该尽量推开脂肪和多余组织，才能测量到阴茎的真实长度。
