生殖道衣原体感染多发生在性活跃人群，主要经性接触传染。当机体抵抗力差、生殖道黏膜局部有小破损时，衣原体可以通过破溃处进入组织，然后逐渐大量增殖，形成无感染性实体，而后再成熟成为原体。
感染衣原体的潜伏期是1-3周，大约一半以上患者没有症状。有症状的男性衣原体感染主要出现尿道炎，具体症状为尿道刺痒、刺痛或有烧灼感，少数有尿痛、尿道口轻度红肿、尿道分泌物呈浆液性，量比较少，约50%-60%淋病可合并有衣原体感染；有症状的女性衣原体感染主要表现为黏液性宫颈炎，出现白带增多、宫颈水肿、糜烂等症状。