憋大便的危害较大，长期憋大便会导致直肠的排便反射降低。另外长期憋大便也会影响身体的整个状态，比如对于消化道和人的精神等各方面都会影响，导致需要重新建立系统，进行生物反馈治疗，比较麻烦，所以通常不建议憋大便。
大便在直肠腔内，直肠黏膜有感受器。刺激这个感受器，神经就会反射到整个神经系统做一系列的反馈，然后做出排便的动作。长期憋大便会导致黏膜感受器的敏感性下降，所以排便反射就会减弱。这种情况下，预后比较容易造成出口梗阻型的便秘。也就是大便进入直肠腔中，已经该解大便，但是大脑的神经系统收不到信号，长时间内大便就会堆在直肠腔内，也叫做神经感觉减性便秘。
