半夜醒后头痛原因需要具体情况，具体分析。如果患者是中老年人，既往有高血压病史，首先需要检测血压，如果血压升高，患者会出现头痛表现。治疗主需要是降低患者血压，常用钙类拮抗剂，比如络活喜、施慧达，也可以应用硝苯地平缓释片或者硝苯地平控释片，还有常见的ACEI制剂，比如洛丁新，以及ARB类制剂，如代文、科素亚等。如果血压药物控制不好，可以联用两种或者三种以上的降血压药物，严重的血压升高也可能引起脑出血或者蛛网膜下腔出血。脑出血或者蛛网膜下腔出血患者也可以出现头痛症状，这种情况应立即检查头颅CT，以明确诊断。如果诊断为脑出血或者蛛网膜下腔出血的患者，需要及时住院进一步治疗。

如果患者是年轻人，既往有头痛发作病史，就需要考虑丛集性头痛。丛集性头痛是一种原发性神经血管性疼痛，多见于青壮年，患者主需要表现为眼球深部、眼眶以及眶周持续性胀痛或牵拉撕裂痛，患者也可以表现为针刺样疼痛，疼痛性质非常剧烈，头痛发作时常伴有眼结膜充血、鼻塞和流泪等症状，且多数患者头痛在夜间发生，持续数分钟到一小时不等。临床需针对头痛发作时出现的症状进行治疗，常用普坦类药物，如佐米曲普坦、舒马普坦，也可以用激素或者高浓度吸氧治疗。