因为柠檬水具有一定酸性，建议尽量不要用其送服药品。吃药时尽量建议使用白开水，避免服用柠檬水、苏打水，包括牛奶等饮品，以免和药物之间发生相互反应，影响药效。
如果服用的药物是碳酸氢钠，即小苏打，属于碱性制品，与柠檬水的酸性成分可能发生酸碱中合反应，直接影响治疗效果。中药中治疗胃痛的药物可能用到海螵蛸，即乌贼骨，主要成分之一是碳酸钙，可起到制酸止痛作用。如果服用大量柠檬水送服治疗胃病的药物，有可能和其中的海螵蛸发生化学反应，减弱制酸止痛作用。
部分药物可能和柠檬水之间不会发生相互作用，比如服用维生素C时，其也是酸性维生素，所以柠檬水对其不会有较大影响。但是仍然有部分药物不仅会相互作用，还有可能影响药物代谢，比如磺胺类药物，可能发生结晶尿、管型尿，严重可造成肾脏损害。用药同时建议尽量碱化尿液，如果服用大量酸性成分有可能影响代谢，导致不良作用。
