女性停经两个月发现已经处于妊娠状态，是否进行终止妊娠因人而异，具体如下：

1、异位妊娠：孕妇需及时到医院进行检查，检查目的之一是通过超声检查除外异位妊娠，当宫外孕异位妊娠时，无论人工流产还是药物流产，均没有办法达到终止妊娠的目的，反而异位妊娠的存在非常容易导致出现突破性的腹腔内大出血，严重时会导致失血性休克、危及生命。除通过超声检查外，还需要结合女性平时的月经周期、排卵大致日期、同房日期进行孕周核算；

2、宫内妊娠：如果女性通过检查发现怀孕7周以内的宫内孕，而且孕囊已经达到足够大小，无论通过人工流产还是药物流产，均能够达到终止妊娠的目的。但是通过孕周核算，发现孕周已经大于7周，但是还在10周以内的宫内孕，通常需要选择人工流产达到终止妊娠的目的。无论是药物流产还是人工流产，均存在相对或绝对禁忌症。当有炎症存在，无论是盆腔炎、宫颈炎、阴道炎，通常先进行炎症处理，当炎症被基本上治愈后，才能选择药物或者人工手术方式终止妊娠。如果女性涉及到原发病，如肝肾功能损伤等，存在这些疾病时需要具体情况具体分析，选择不同的终止妊娠方案。