长效避孕药的副作用主要为月经失调、阴道不规则出血，而且还有消化道的反应，比如恶心、呕吐等不适。目前长效避孕药应用较少，因为具有很多副作用，同时还会出现发胖等症状，目前大部分患者比较害怕体重过度增加。而且患者在服用长效避孕药后想要再次怀孕，需要停药后3-6个月后才能怀孕。另外长效避孕药对也会对凝血系统产生改变，比如增高心梗、脑梗发病因素等。
目前患者更为喜欢应用短效避孕药，为短效避孕药的激素水平低，对人体副作用非常少，所以更得到大家的青睐。但是长效避孕药也有一定的优势，比如用药时间短，服用1次即可，同时部分患者还可以选择皮下埋植进行避孕。 而短效口服避孕药需要每天吃1粒，不能漏服。
