通常病毒性脑炎治愈的时间是14天左右，在14天急性期治疗使病情较稳定后，后期可做高压氧治疗。对于危重病人，若细胞损伤较严重，常可进入昏迷期而成为植物人，甚至有生命危险。部分病人昏迷时间较久，急性期后植物人状态可持续多年。
所以病毒性脑炎常规状态下一般10-14天即可治愈，因为抗病毒治疗时间一般是进行2周。针对病人情况减轻，尤其应用治疗细胞水肿的神经细胞保护药物、脱水药物等，治疗后期常遗留神经功能缺损表现，部分病人可出现偏瘫、偏身感觉障碍、讲话不流畅。还有部分病人可出现认知功能、记忆力下降、沟通出现障碍等，常建议后期做高压氧进行康复。
