通常蛀牙旁生长脓包是牙根发炎引起，即由慢性根尖周炎引起，也有可能是根尖囊肿继发感染，导致牙龈瘘管及窦道。治疗需先拍X光片明确是否为根尖周炎或根尖囊肿，若是单纯根尖周炎，可进行根管治疗，将根管疏通、扩大、封药消炎，同时也可以进行刮治瘘管，通常炎症控制后，瘘管脓包便会逐渐消失。
还有部分难治性根尖周炎，可能需配合显微镜下治疗，即显微根管治疗术，配合根尖刮治手术等。少数情况下若根尖周炎不易治疗，部分患者可能需将病牙拔除，但大部分患者根管治疗后效果尚可，脓包会逐渐消失。
若是根尖囊肿引起蛀牙旁生长脓包，即有根尖囊肿发生，除牙齿做根管治疗外，可能需观察一段时间，若脓包不消或牙根尖阴影不消，可能还需做手术，比如翻瓣术、将囊肿刮除，磨除部分牙根。总体而言，此病治疗方式还是较规范，技术也较成熟。
