吞口水时耳朵有咔嚓声通常与咽鼓管功能紊乱有关。咽鼓管是连接中耳腔与鼻咽部的管道，正常处于闭合状态，仅在吞咽、打哈欠时短暂开放，可调节中耳腔气压与外界大气压平衡，平衡后可保持鼓膜以及听骨链等传音结构功能正常，从而可使声音传导不至于发生障碍。如果咽鼓管功能紊乱可影响鼓膜以及听骨链的传导能力，从而出现一定程度的传导性听力下降。咽鼓管功能紊乱可见于以下几种情况：
1、一过性：吞咽口水耳朵有咔嚓声，如果为一过性，可自行逐渐恢复，通常无需更多治疗；
2、过敏性鼻炎：如果过敏性鼻炎时间过长，咽鼓管黏膜也会出现炎症，导致出现咽鼓管功能紊乱。过敏性鼻炎的持续治疗与控制，对预防咽鼓管功能紊乱具有一定意义；
3、反流性咽喉炎：咽鼓管功能紊乱还与胃酸、胃液反流刺激有关，即反流性咽喉炎，患者需使用抑制胃酸的药物治疗，才能逐渐缓解咽鼓管功能紊乱的情况。
