患者肛周脓肿3cm是否严重，需要根据以下情况进行判断：

1、高位脓肿：若肛周脓肿侵犯到距离肛门口以上3cm高度的肛门括约肌，则属于高位脓肿，情况较为严重。患者在治疗上需考虑是否进行挂线治疗，但也需根据患者肛门括约肌的高度而定。尽管每位患者括约肌高度均在一定的正常范围，但也有所差异，而且前方括约肌较短而后方括约肌较长，若侵犯到前方括约肌3cm位置则确实属于较高区域，患者需要谨慎治疗。若为女性患者则可能更为严重，因为女性括约肌可能相对更短；

2、普通脓肿：若为脓腔深度3cm而不涉及括约肌则并不严重，治疗方式也较为简单。

因此，肛周脓肿的严重程度与处理方式，主要在于括约肌被侵犯的高度和所侵犯的位置，后方括约肌3cm相对而言较轻，而前方括约肌较为严重。治疗方面根据部位不同，具体情况也有所不同。