自闭症孩子的发病原因，确切机制目前不清楚，没有学说是大家比较公认的，自闭症引起的原因，但是现在的研究发现与以下因素有关：

1、遗传性因素：与遗传有关系，与基因和染色体的异常，尤其是基因异常有关系。已经发现较多的基因与自闭症的发生有关，而且发现父母有自闭症、孤独症谱系的病史，小孩发生自闭症的可能性也高。通过双生子的研究，即同卵双生子，一个孩子患自闭症，另外一个孩子患自闭症的几率也较高，都提示自闭症有遗传背景；

2、社会心理因素：自闭症的孩子通常与父母、家庭不和谐，父母与孩子的交流少，没有训练孩子与人接触、语言的训练，智力活动的参与缺乏，大运动的训练的缺乏有较大关系。大多数自闭症的孩子，小时候交流不多，父母关系也不好，父母给孩子说的少，都有关系。

因此，小儿自闭症造成的原因，可能是外部环境与遗传背景相互作用的结果。还有许多的学说，有人现在研究发现与肠道的部分菌群紊乱等有关系，与孩子的孕期、宫内发育等也有关系，总之学说较多，确切的原因不清楚。