脸上长痣是由于皮肤中聚集成团的黑色素细胞，产生过多黑色素形成痣。脸上的痣通常指色素细胞痣，又称为黑素细胞痣。形成原因主要是在先天胚胎发育期间，黑色素细胞从神经嵴向皮肤迁移过程中，受到某些偶然因素干扰，不能正常转移到表皮的基底层中，而在表真皮交界部位停滞且聚集成团块或者巢状，形成色素细胞痣。
随年龄增加、紫外线照射或者内分泌激素改变，均可以影响痣细胞团块中黑色素细胞，其功能逐渐活化合成黑色素，颜色逐渐加深、变黑，即成为肉眼所见的黑素细胞痣。所以脸上长痣其实是在先天发育期间就已经形成，但可以随着年龄、时间逐渐的显露。
