通常真菌性角膜炎的早期症状并不严重，自医生的角度而言，患者的病情较重，但症状较轻。真菌性角膜炎的迁延时间较长，如果真菌性角膜炎早期患者出现眼部外伤，数日之后眼睛可出现异物感，或者红、疼、畏光、流眼泪等症状。如果患者的症状持续加剧，视力可能会下降，出现视物模糊等症状，而且患者的角膜即黑眼珠上可出现白色的牙膏样脓苔。

部分真菌性角膜炎患者的视力已经较差，或者已经处于接近失明的状态，但是与一般的角膜炎或者结膜炎的患者相比，疼痛症状并不严重，因而导致较多患者延误最佳的治疗时机。针对真菌性角膜炎的治疗，目前具有一定的难度，无论选择药物还是手术治疗，均无法确保患者痊愈，部分患者术后仍然可能出现复发的情况。