婴儿脑积水通过积极治疗通常不会有后遗症。婴儿脑还处于发育过程当中，5周岁之前整个脑还会再发育，所以即使在手术治疗干预之前脑积水较多、脑发育不良、皮层发育不良，一旦手术将颅压降下之后，脑还会不断发育。
手术会有一些风险，但对于婴儿脑积水的治疗而言，比如脑室腹腔分流术是一个极其微创的手术，对脑的损伤较微弱。手术之后一旦发生并发症或出血、感染，可以通过各种方法治愈。既得益于婴儿脑发育的良好代偿能力，又得益于先进的显微手术基础。
所以总体而言，目前婴儿脑积水的后遗症较少，预后功能较好，完全可以达到正常人的生活水平。
