肥厚型梗阻性心肌病的手术风险，与手术者的经验与认识相关，一个比较成熟的外科手术者，出现手术风险的几率较低，效果也比较确切。
心肌病分为三大类：第一、扩张型心肌病，即心脏越扩越大变薄。第二、限制型心肌病，即心脏内膜增生、扩张，血液进入的时候打不开。第三、肥厚型心肌病，即心室壁变得很厚。正常的心室壁的厚度在8mm左右，如果发生肥厚的情况，严重的可以达到二十多毫米，这时就会出现肥厚型心肌病。
肥厚型心肌病分为两大类，即有梗阻的与无梗阻的。有梗阻的心肌病在左室流出道会长一块肉，造成左室流出道的梗阻，血液从左心室打到主动脉里面就会受到阻碍，造成狭窄。这时候就需要进行治疗，把多余的心肌去掉，主要有两大类，第一类，可以通过酒精消融的方法，通过介入从股动脉插管，进入滋养病理心肌的血管里，把纯的无水酒精打到进去，让心肌坏死，把坏死的心肌去掉。虽然这种方法无创，但是效果不怎么确切，因为滋养血管的变异性较大，手术效果不理想，这个治疗方法可以引起剧烈的胸痛，病人比较痛苦，近年来做的比较少。
最经典的治疗方法是外科手术，通过外科手术多余的肌肉完全清除，手术的治疗效果很确切，远期的结果也很好。还可以纠正合并的问题，比如二尖瓣关闭不全等，甚至病人合并冠脉畸形，需要同期做搭桥手术。
任何方法都有一定的并发症和风险。比如导管消除手术也有并发症，如胸痛、心肌梗死，梗死的范围没法控制，引起室间隔穿孔，造成心率变慢。因为心肌旁边有个控制心脏节律传导束，一旦传导束受损以后心脏会变慢，要装起搏器。外科手术除了共同的出血、感染、损伤以外，用外科方法做肥厚型梗阻性心肌病的风险，有穿孔，即切多了造成室间隔穿孔，还有损伤到神经传导束，心脏内部传导系统就是控制节律的传导系统，传导系统就在肥厚心肌的旁边，还会造成二尖瓣的损伤。