大部分肝癌患者的甲胎蛋白都会升高，因为甲胎蛋白是肝癌的特征性肿瘤标志物，正常情况下，在胎儿时期，体内产生甲胎蛋白，成年时期基本不再产生甲胎蛋白。

但如果发生肝细胞肝癌，70%左右的患者，都会出现甲胎蛋白升高。甲胎蛋白有各种各样的异构体，常规的检查只能针对绝大多数的异构体进行检测。所以70%的患者甲胎蛋白升高，就现有的检查可发现升高，但30%的所谓的阴性患者，如果查甲胎蛋白的异构体，也有部分患者的甲胎蛋白升高。

随着科学技术进步，肝癌患者除查甲胎蛋白这种肿瘤标志物外，还有其他标志物进入临床，最常见的如PIVKA，PIVKA的特异性非常高。基本如果出现肝癌，即便甲胎蛋白阴性，查PIVKA也会有阳性表现。现在还有很多的血清标志物的应用，除甲胎蛋白、PIVKA外，还有GPC-3等常进入临床试验，在临床研究中。