泮托拉唑钠肠溶片的副作用为临床偶见头痛、头晕、失眠、嗜睡、恶心、腹痛、腹泻、腹胀等消化道反应，皮疹、瘙痒等皮肤过敏反应以及肌肉疼痛等症状。使用泮托拉唑钠肠溶片时需要注意用药禁忌，对于哺乳期妇女以及妊娠3个月内的女性以及对本品过敏者应该禁忌使用。
泮托拉唑钠主要用于治疗活动性的消化性溃疡，如胃溃疡和十二指肠溃疡，此外还可以用于反流性食管炎、卓-艾氏综合征的治疗。这个药的药理特性能够特异性作用于胃黏膜壁细胞，降低胃黏膜壁细胞中的氢钾ATP酶活性，从而抑制胃酸分泌。
与奥美拉唑相比，泮托拉唑对于细胞色素P450酶的抑制作用较弱，所以与药物发生不良相互作用的概率较低。由于泮托拉唑钠为肠溶片，服用时应避免咀嚼或碾碎、掰开服用，应该保持片剂完整性，整粒吞服，使药物发生肠溶效果，收到比较好的临床疗效。
