单纯甲硝唑不能治疗肛周脓肿。所谓肛周脓肿就是肛门周围间隙的急性化脓性感染，肛周脓肿的致病菌为肠道寄生菌，如大肠杆菌和类杆菌。甲硝唑主要是针对类杆菌，对大肠杆菌没有明显效果。
肛周脓肿多是因为肛周的肛窦腺感染，通过肛周淋巴管以及肛门周围间隙的炎症，进一步发展形成肛周脓肿。肛周脓肿的临床表现为肛周的红、肿、热、痛等局部症状、炎性包块，部分肛周脓肿伴有全身感染中毒症状，如发烧、白细胞增高、厌食、乏力。肛周脓肿是外科感染，外科感染的治疗以脓肿的引流为主，即以手术切开排脓为主。所以肛周脓肿的治疗应以手术为主，药物治疗、抗生素治疗是起辅助治疗作用。
因为肛周脓肿的致病菌除了类杆菌以外还有大肠杆菌，所以其抗生素使用除了甲硝唑以外，要用广谱抗生素，如头孢类抗生素。手术、药物治疗以后再辅助局部换药和坐浴，所以单纯使用甲硝唑不能治疗肛周脓肿。
