肺炎支原体是引起非典型肺炎最常见的病因之一，由于支原体没有细胞壁，青霉素类、头孢菌素类作用于细胞壁的抗菌药物对肺炎支原体没有效。对肺炎支原体有效的抗菌药物主要有大环内酯类的红霉素、阿奇霉素、克拉霉素，四环素类当中的多西环素、米诺环素也可以，还有氟喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星也对肺炎支原体有效。由于四环素类药物能够使儿童特别是8岁以下儿童，牙齿发黄或牙釉质发育不良，所以8岁以下的儿童禁用。左氧氟沙星氟喹诺酮类的药物，在幼龄的动物骨骼当中发现会影响骨骼发育，目前来说18岁以下的患者禁用喹诺酮类药物。儿童肺炎支原体感染首选阿奇霉素大环内酯类药物，而不选择四环素类或者是喹诺酮类药物。