排出结石的方法包括自行排出，以及医生辅助帮助下排出。自行排出多见于小结石，大多数肾脏结石通过细长输尿管，均能顺利排出体外，本身严重碎石的步骤是在输尿管中。因为输尿管管径较长，约20cm长，但直径较细，为3-4mm。因此5mm以下的小结石大多数可以等待自行排出，可以多喝水，做跳绳、爬楼梯等震荡运动，再配合药物治疗。通过扩张输尿管、解除痉挛促进结石排出。
但对于大结石，比如肾内超过1cm的结石，或者输尿管中超过5mm以上的结石，大块结石直接排出体外不太可能，需要进行手术或者碎石进行辅助，需要在泌尿外科专业医生的操作下，进行体外冲击波碎石或手术碎石方式，将大块结石打成小块、粉末，才能有利于结石排出。
