在大蒜素胶囊的说明书中，是对于此药有过敏症状的患者禁止使用。孕妇和哺乳期妇女，未进行相应的试验，也缺乏相关的临床数据，因此也属于不适宜的人群。另外该药物属于抗菌药物，主要用于治疗深部的真菌和细菌感染，如肺部和消化道霉菌的感染，还有白色念珠菌所导致的菌血症，以及急慢性的细菌性痢疾，急慢性肠炎等。因此使用药物时，还需要注意针对具有感染症状的患者进行使用。如果没有上述症状，也属于大蒜素胶囊的不适宜人群。
患者如果没有相应的感染症状，盲目使用大蒜素胶囊，可能导致药物滥用，还有可能导致不良反应。此外大蒜素胶囊的说明书中提到，大蒜素对胃有一定的刺激性，而且容易被胃酸所破坏。因此服用胶囊时需整粒吞服，尽量不要将其咬破。咬破后可能导致其中的大蒜素对胃造成刺激，还可能被胃液中的胃酸破坏而灭活。
