骨结核的疼痛有很多的原因，因为结核菌可能会破坏骨质，结核菌有可能会引起关节滑膜炎症，引起局部脓液聚积。骨强度下降可能让病人在活动的时候引起微骨折，可能会引起疼痛。此外，关节结核的炎性因子渗出，会刺激滑膜引起关节疼痛。结核的脓液在骨内聚积，使骨内压力增高，病人也会有疼痛症状，这些都是骨结核引起疼痛的比较常见的原因。
如果为脊柱骨结核的疼痛，最常见的原因是结核破坏骨之后，脊柱不牢固，无法支撑人体的重量。人在起床活动时，会引起活动性疼痛，卧床之后，疼痛又会逐渐缓解或消失。脊柱稳定性不足，也是骨结核引起局部疼痛比较常见的原因。脊柱结核会引起神经压迫，引起放射性疼痛，导致病变部位神经所支配的肢体疼痛，属于局部脓液引起，也需要通过手术放脓，缓解症状。
