任何手术都存在风险，包括双眼皮手术。双眼皮手术在整复外科的整体架构中是相对较小的手术，因为该手术所有的流程在门诊就能完成，与其他手术相比，风险较小。但是双眼皮手术又有其特殊性，是在外观上的手术，术后较容易看到双眼皮手术的结果。
所以主要风险并不在于功能上，而在于外观，如术后疤痕、宽度不对称、弧度不对称等问题。通常疤痕问题主要取决于患者自身体质，是否容易长疤，以及术后护理。
而其他并发症，如宽度、弧度和不对称等问题，与手术设计、手术操作及患者本身两边组织量均有关。因为正常人两个眼睛也不完全对称，所以术后有稍许差异通常是正常的。
