窦性心律不齐是临床常见的一种心律失常，不是一种疾病，而被看作是一种正常的变异。窦性心律不齐的原因可能是生理性原因，也可能是药物的影响，在个别情况下，也可以由于神经系统的重度损伤所导致。
1、生理性原因：生理性原因的窦性心律不齐是最常见的情况，在青少年时期，由于窦房结功能不稳定，发生窦性心律不齐。另一种常见的生理性窦性心律不齐与呼吸相关，吸气时心动周期缩短，呼气时心动周期延长，发生的机制主要是吸气时可以反射性抑制迷走神经的张力，而迷走神经会导致心率减慢，所以屏住呼吸时可消除心动周期长短的变化；
2、药物的影响：心动周期的长短变化与呼吸无关，心动周期呈周期性的长短变化，常见于洋地黄中毒或使用吗啡类的药物；
3、神经系统的重度损伤：如急性颅脑损伤的患者，发生的窦性心律不齐是由于神经系统功能受损，调节机能障碍所导致。
