慢性缺氧的危害累及到各个系统的方方面面，主要是各个主要脏器，包括心脏。慢性缺氧会诱发缺血性心脏病，导致心脏功能低下和心脏扩张，甚至会诱发心衰等严重心脏问题，部分病人还会出现各种类型的心律失常。慢性缺氧对大脑的影响尤为显著，会导致倦怠、记忆力低下、老年痴呆等各种类型的神经系统病变。
慢性缺氧对肾脏、肝脏都有显著的危害，比如会导致肾纤维化、肾功能低下，甚至进展到终末期肾病，需要血液透析，而对肝脏会明显影响到肝功能，导致各种凝血因子缺乏或转氨酶升高。因此慢性缺氧对全身各个脏器都有明显的危害和毒副作用，需要早期予以鉴别诊断。找到慢性缺氧的原因，纠正原因以后，才能够改善慢性缺氧患者的远期预后。
