治疗肠炎需要辨证施治，需明确是急性肠炎还是慢性肠炎，而且急性和慢性肠炎都要根据观察疾病的寒热虚实、八纲辨证、阴阳表里。如果急性肠炎如果表现为湿热中阻，或者湿热阻滞，出现腹胀、腹痛、大便溏稀，或者有便脓血、里急后重、便前腹痛便后缓解、舌红、苔黄腻等，这可能是急性肠炎或急性菌类。
此时建议清热化湿治疗，通常用葛根芩连汤、白头翁汤、芍药汤等来加减治疗。如果是慢性肠炎病人，可能病程较长、反复发作，同时有气短乏力、面色萎黄或面色苍白、大便溏稀症状，建议健脾益气治疗。如果脾阳不振，还要健脾益气、温中散寒治疗，健脾益气采取参苓白术丸的加减治疗。如果脾胃虚寒建议采取附子理中丸治疗，如果有脾肾阳虚，采取补肾温阳，可以用四生丸来加减治疗。
