肺炎支原体肺炎首选的治疗用药是大环内酯类的药物，如传统的红霉素，还有新大环内酯类的药物，如罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等。对大环内酯类的药物不敏感的人可以选用呼吸喹诺酮类的药物，如左氧氟沙星、莫西沙星等药物。
在进行肺炎支原体肺炎治疗的时候，疗程一般是2-3周，所以过短的疗程并不适合于肺炎支原体肺炎的治疗。另外由于肺炎支原体没有细胞壁，所以头孢类的和青霉素类的抗生素无效，因为这两种抗生素都是作用于病原体的细胞壁，来起到杀菌的作用。所以在治疗肺炎支原体肺炎的时候，要谨记头孢和青霉素类的抗生素无效，要选择的大环内酯类或者是呼吸喹诺酮类的抗生素来进行治疗。
肺炎支原体肺炎一般预后良好，在抗感染的同时，如果有剧烈呛咳的患者，还可以应用一些镇咳的药物来进行治疗。
