若男性能够在女性阴道内射精，则阴茎短小不会影响生育能力。阴茎本身大小并不能说明男性精子质量好坏，决定男性生育能力主要是精子，精子质量决定生育能力，而精子由睾丸产生。如果睾丸功能正常，则产生精子也相对正常，只要在性生活中阴茎勃起后可进行性生活，实现在阴道中射精，通常不会影响生育能力。

若男性阴茎过于短小，无法实现在女性阴道内射进，则对生育会产生一定影响。如果通过常规方法，无法实现改变阴茎外观与功能时，可能无法通过自然同房受孕，需通过相关方式取精或通过睾丸取精，进行人工辅助生殖。