部分患者在取卵后，可能会反映存在腹泻的情况，此时无需过于担心。有研究表明，肠炎患者应用黄连素可以增加胚胎移植后的成功率。所以若患者出现腹泻的情况，且考虑与肠炎有关，可以服用黄连素进行止泻，不仅可以起到止泻的作用，也可以帮助胚胎移植获得成功。因此，若患者取卵后出现腹泻，建议考虑应用黄连素进行治疗。
此外，若患者食用不洁的食物而导致腹泻，也可以应用黄连素止泻或其他抗生素止泻，随后可以服用益生菌调节肠道菌群，包括酸奶等食物或药物，从而维持肠道菌群的环境正常。现代科学研究认为，菌群失调也会导致不孕症，影响胚胎移植的成功，所以建议患者在移植前尽量多摄入酸奶等调节菌群的食物，使肠道菌群维持在正常的状态下。
