吞咽口水时耳朵痛，与鼻咽部的咽鼓管咽口有关。吞咽时是做正压的推动作用，软腭、悬雍垂后抬，将后鼻孔盖住。在用力的情况下，食物经过咽喉部，进入食道、胃，正压推动时，鼻腔由于炎症与咽部炎症波及到咽鼓管咽口，引起咽鼓管咽口的黏膜水肿或开放受阻。中耳腔与外界唯一的通道发生阻塞，此时中耳功能就会受到影响，做吞咽动作时，由于正压的推动作用，刺激到了咽鼓管咽口，会反射到耳中，引起耳朵的不适。
吞咽时耳朵痛的原因，是耳朵与外界相通的咽鼓管咽口开放异常，或者鼻咽部炎症刺激造成。此时需要寻找具体是鼻腔的原因还是咽腔原因，同时进行解决。若是鼻腔原因，可以用鼻喷剂或针对性治疗。若是咽腔的原因，需要咽腔具体部位，针对部位进行治疗。
