每天早上起床腰两侧疼痛，可能是以下几种原因引起：

1、受凉、劳损、外伤是常见病因，受凉和劳损会造成腰两侧血液循环障碍，产生酸性代谢产物，刺激神经会产生腰两侧疼痛表现，在每天早上起床时症状最为明显，活动后可能会减轻。而外伤会直接造成腰两侧肌肉、韧带、横突骨质等发生损伤，甚至发生骨折或脱位，也可出现每天起床腰两侧疼痛的症状，与活动有关，拍摄X光片能进一步确认；

2、腰椎疾病如腰椎间盘突出、腰椎管狭窄，腰椎滑脱症等，均可以刺激或压迫神经，从而诱发每天早上起床腰两侧疼痛的症状。同时会伴有腰椎活动受限，并可有一侧或双侧下肢放射性疼痛，甚至可有跛行表现，拍摄CT或者核磁共振能够进一步确认；

3、泌尿或生殖系统疾病如泌尿系统感染、结石，或妇科的炎症、肿瘤，因内脏神经与脊神经有联系，可出现每天早上腰两侧疼痛的症状。但此类患者通常会有尿频、尿急、尿痛，及尿常规异常，患有妇科疾病时通常会阴道内分泌物改变，通过彩超、CT检查能进一步确认；

4、如果患有腰背筋膜炎，或细菌感染如结核，还有肿瘤病灶，可以破坏软组织骨质，从而刺激神经，引起每天早上起床时腰两侧疼痛。此时拍摄X光片、核磁共振，并结合实验室检查能进一步确认，严重者还会伴有全身发热、消瘦、乏力、恶心、呕吐等症状。