绝大多数人做羊水穿刺没有影响，部分人可能有微乎其微的影响。做羊水穿刺的目的是除外胎儿的染色体异常，或者除外宫内感染，治疗性进行羊水穿刺。
羊水穿刺可能有流产的风险，根据文献，流产的风险大概是0.5%，这类流产的产妇多数可能有发烧、腹痛或者有其它的情况的发生，通常术后会给予保胎的药物治疗。
较多孕妇可能担心做羊水穿刺时，穿刺针扎到胎儿，但羊水穿刺是在B超引导下进行，B超能够看到进针的位置和进针方向。并且穿刺时胎儿有自我躲避的功能，感觉到穿刺针可以产生反射躲避。另外穿刺针本身较小、较细，所以通常不必担心羊水穿刺对胎儿产生影响。
