经食道心脏彩超与胃镜检查是两种不同的检查手段，需完成不同的检查目的，每个人的耐受度不同，两者的难受程度无法比较。经食道心脏彩超，需要经过食管，将心脏彩超的探头放到心房后，更好地观察到心脏结构，是一个位置比较特殊的心脏彩超。彩超探头经食管放到心房后的操作，部分患者将引起不适感，如恶心、呕吐，和下超声探头时导致的异常反应。
胃镜也要经过食管进入到胃，来做胃的相关检查，这两项检查均需要经过口腔，存在吞咽反应。经过口腔下到食管和胃的过程，每个人的感受度不一样。但是这两项检查，必要时均需要完成，对特定疾病的诊断，有诊断价值。
