一般胚胎移植2天后才会着床，而如果移植第3天的胚胎，会导致试管婴儿胚胎移植后有宫外孕的风险。期间胚胎会在宫腔内游走，甚至游走到输卵管内。如果输卵管功能正常，会将胚胎运送到宫腔内，但如果输卵管功能有异常，胚胎可能会在输卵管内种植，则造成宫外孕的风险。如果是囊胚移植，宫外孕的风险会比移植第3天的胚胎明显降低，因此有反复宫外孕病史的患者可以选择进行囊胚移植。因为囊胚移植之后很快着床，减少游走的时间，同时也降低了宫外孕发病的风险。
另外，胚胎移植后14天抽血验孕，血HCG值偏低、增长不理想或者出现阴道流血、腹痛情况，也要随时警惕宫外孕发生的可能性。总之，做试管婴儿胚胎移植同样会发生宫外孕。