鼻炎手术时一般都需要进行麻醉，因此一般不会存在疼痛感觉。麻醉可以分为局部麻醉和全身麻醉，麻醉过程中所使用的局麻和全麻药物被不断研发和创新，麻醉效果越来越好，副作用越来越低。由于鼻炎手术是微创手术，大多数是在鼻内镜下进行，因此即使手术后麻药代谢过后，患者只会存在轻微疼痛感，部分痛阈较低患者、对疼痛敏感可以在术后加用口服或静脉用止痛药。

部分鼻炎手术，如等离子下鼻甲射频，由于手术后局部炎症渗出、黏膜水肿鼻腔会出现堵塞感。翼管神经手术鼻腔局部填塞手术1周内可能会有鼻腔轻微堵塞，1-2周后填塞可吸收材料自然排干净后，不适感消失，因此鼻炎手术疼痛较轻。如果出现鼻炎在保守治疗无效的情况下，可以接受专业医生建议，进行鼻炎手术治疗，因此一旦药物治疗或脱敏治疗效果较差，鼻科医生建议手术，不应因惧怕疼痛而拒绝手术，因为目前手术和麻醉方法较为先进，术后不适感较轻。