男生早上起来上厕所很痛，最常见的原因是尿道炎。男生的尿道炎比女性要相对的少见，主要是见于以下三大类情形：

1、包皮过长：如果包皮过长，又不注重个人卫生，包皮垢长期堆积在包皮和龟头之间，会导致尿道发炎。这种发炎往往是大肠杆菌、金黄色葡萄球菌感染造成。一般尿常规显示有大量的白细胞，常用的药物有喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星，或者头孢类抗生素，如头孢克洛；

2、淋病：淋病是一种性传播疾病，患者往往有不洁的性接触病史，尿道外口比较痒，而且标志性的是从尿道外口经常会流出来一些黄白色脓液，患者经常主诉在晨起时，黏液会将龟头或者是阴茎粘到内裤上。可以做一下淋球菌的快速鉴定，明确诊断之后，使用大剂量的头孢进行治疗；

3、支原体、衣原体尿道炎：尿道炎做病原体检测时，显示为支原体、衣原体感染，这时治疗主要是采用大环内酯类抗生素，比如罗红霉素、阿奇霉素，都有很好的疗效。