癫痫手术风险除常规开颅手术风险，手术后出血需再做手术，术后感染需长期抗感染，甚至必要时再做手术，还有脑积水、脑梗塞等意外问题。癫痫最主要并发症为神经功能障碍，颞叶癫痫出现神经功能障碍，比如失语、偏盲、优势半球记忆力减退。如果额叶癫痫，病人逻辑推理能力差、肢体活动功能差，或枕叶癫痫病人出现视力、视野改变，顶叶癫痫会出现半侧忽略或感觉减退，与发生部位有关。
所以通常需在手术中定位，保留功能前提下切除癫痫灶。如果手术中定位准确，切除癫痫灶，通常不会造成永久性神经功能障碍，如果切除神经功能区，有可能造成永久性功能障碍，所以一定要手术中监测身体功能。
