肾小球肾炎治疗时可能会应用到免疫抑制剂，最常用的就是糖皮质激素。对于应用此类药物的情况，不同的情况应用可能不一样。绝大多数肾病综合征，即尿蛋白＞3.5g/24h，低白蛋白血症低于30g/L，排除其他禁忌证后，可以用糖皮质激素来进行治疗。

当然有些不是肾病综合征表现的肾小球肾炎，如蛋白尿并不＞3.5g/24h，血中的白蛋白并不降低到30g/L。

但是由于急性因素的存在，如肌酐升高，出现新月体肾炎、抗基底膜抗体阳性或者抗中性粒细胞胞浆抗体阳性的情况下，可以应用激素，特别是应用大剂量的甲基泼尼松龙(甲泼尼龙)来进行治疗。

因为这时病变处于活跃期，应用激素可以抑制免疫、抑制炎症，使病变得到良好的控制，有利于疾病的恢复。绝大多数情况下肾病综合征如果没有炎症、感染或者肿瘤以及高血糖、高血压相对禁忌证外，需要应用免疫抑制剂，特别是糖皮质激素。

有些类型例如膜性肾病、局灶性节段硬化性肾病或者膜增殖性肾病，单用糖皮质激素可能效果不理想，要加用另外一种免疫抑制剂，如环磷酰胺、他克莫司或者吗替麦考酚酯等。