一般根据胸椎结核椎旁脓肿患者的胸椎核磁共振或者CT来判断，胸椎结核椎旁脓肿的大致位置，和胸椎椎旁脓肿的多少、大小，来决定胸椎椎旁脓肿的治疗方案。
一般对于散在的、小的椎旁脓肿，可以抗结核治疗，来消除椎旁脓肿。而对于比较大一些的椎旁脓肿，或者比较散在的、大的椎旁脓肿，有时候需要进行手术清除脓肿，包括引流和冲洗，而冲洗液中可以添加抗结核的药物，来抑制结核菌的繁殖、生长。
对于胸椎结核造成椎体的破坏，或者出现了神经受压的表现，会选择应用开放手术来彻底清除椎旁脓肿，而固定椎体的稳定性，从而来治疗胸椎结核椎旁脓肿。而对于大多数胸椎结核椎旁脓肿，一般都不会造成相应的神经症状，大多数可以应用药物进行保守治疗。
