奥硝唑和甲硝唑是同一类药物，其中奥硝唑是新一代的药物，在用药方式上会有一些进步，相对于甲硝唑比较明显的副作用，比如恶心、呕吐会少一些。所以对于奥硝唑，尤其是输液用的奥硝唑，比甲硝唑的副作用要稍微轻一点。而奥硝唑和甲硝唑针对厌氧菌或滴虫感染，都有比较好的治疗效果。
甲硝唑效果也非常好，但是特别苦，恶心、呕吐的副作用相对大一些，而奥硝唑的副作用会相对少一些，所以口服用药考虑甲硝唑，静脉给药考虑奥硝唑。但奥硝唑并不是没有副作用，服用奥硝唑也可能会有恶心、呕吐的表现，只是可能相对比甲硝唑要稍微好一些，副作用小一些。
