新生儿败血症可以引起部分患儿的化脓性脑膜炎，如果细菌毒力过强、自身免疫力低下或治疗不及时、不规范，可以引起神经系统的后遗症，包括脑瘫、语言障碍，运动障碍、认知障碍，还可以引起来癫痫等，所以新生儿败血症应及时治疗。

如果新生儿有败血症的情况下，医生会建议进行腰椎穿刺判断是否合并化脓性脑膜炎。如果合并化脓性脑膜炎，需要选择敏感的抗生素，透过血-脑屏障进入脑部，杀灭脑部的细菌。如果新生儿治疗不佳，可能会遗留神经系统后遗症，如脑瘫。